Kurioza naukowe / Scientific curiosities ISSN 1176-7545; rok VIII; No 1715

Zestawienie tematyczne prowadzone na bieżąco

Jedno zdumienie dziennie...

Genetyczne upakowanie. 
(palindromy cz. 4) 
(poprz.)

Na marginesie deliberacji o roli palindromów w genetyce jeszcze jedna sprawa warta jest uwypuklenia. Otóż oprócz słów czy sekwencji palindromowych istnieją jeszcze słowa czy teksty innego typu, które moim zdaniem, podpadają pod pojęcie palindromów, ale nie są omawiane przez najlepszych nawet palindromologów. Nie mają też, o ile zostałem poinformowany, swojej nazwy, choć moim zdaniem na to zasługują. 
Chodzi mi o słowa w rodzaju 'arak', 'mur', 'atom', 'sok'. Pewnie jest ich znacznie więcej, ale jestem strasznym niemotą w wyszukiwania palindromów i innych tego rodzaju sekwencji. Są o słowa, które czytane wspak mają także sens, choć znaczą zupełnie co innego (arak - kara, mur - rum, sok - kos, itp.). Jeśli idzie o gęstość informacji, takie sekwencje stanowią najefektywniejsze upakowanie treści w minimalnej ilości znaków. 
Otóż istnieją w układach biologicznych sytuacje, gdzie takie upakowanie miałoby wiele zalet z punktu widzenia doboru naturalnego. W przypadku najmniejszych organizmów, najdrobniejszych bakterii, a może i wirusów, gdzie każda literka genetyczna liczy się zarówno ze względu na koszta metaboliczne jak i zajmowaną objętość, możliwość zapisania 'wprost i wspak' zupełnie różnych, ale życiowo ważnych informacji, to byłaby wielka rzecz. Wyobraźmy sobie, że na jednej i tej samej nitce nukleinowej zapisana jest synteza np katalazy, a ta sama nitka czytana wspak daje kod jakiejś peptydazy. W takim przypadku aparat odczytujący zapis genowy powinien tylko wiedzieć gdzie jest start dla danego zapisu i synteza przebiegać będzie wedle dwóch receptur zapisanych jednym genetycznym zdaniem. Jednym słowem 50% oszczędności. Synteza kwasów nukleinowych to kosztowna operacja i każda oszczędność w przypadku drobnych organizmów miałaby sens. 
Pisząc o tym jestem w rozterce. Jeszcze kiedy byłem studentem, kiedy to entuzjazmowano się odkryciem kodu genetycznego, ukazała się drobna notatka w 'Naturwissenschaften' oznajmująca odkrycie takiej dwukierunkowej sekwencji. Niestety, nie zanotowałem sobie dokładnie kto i co. A potem praca moja przebiegała innymi torami. Zrobiło to na mnie takie wrażenie, że rzecz utkwiła mi w pamięci na kilkadziesiąt lat. Nie wiem teraz, czy była to informacja, która nie znalazła potwierdzenia, czy też temat ucichł w natłoku prac o ważniejszym charakterze. Nie znalazłem odnośnika w 'Biological Abstracts', a było to bardzo dawno przed Googlami! (bardzo proszę o informacje na ten temat, jeśli ktoś na to wpadnie). 
W każdym razie ten typ palindromów powinien być jakoś określony czy nazwany, i nawet jeśli nie występuje w układach biologicznych, na pewno jest w językach chyba wszystkich kultur. 
Aż marzy się, by powstał tekst, który czytany w jedna stronę oddawałby sens filozofii chrześcijańskiej, a czytany wspak muzułmańskiej. Jakie byłoby to pole do współpracy nad tym delikatnym polu!
Kto spróbuje?

---------------------------

Genetic packaging.
(palindromes pt.4) 
(previous note)  (up)

On the margins of deliberations on the role of palindromes in genetics there is yet another matter which is worth filling out. Besides the ‘words’ or palindromic sequences there exist words and texts of another type which, in my opinion, should be included in what we understand as the concept of palindromes, but which are not discussed by even the foremost ‘palindromists’. These, as far as I know, still lack a specific name, although in my opinion they deserve to have one.

I speak here about words such as ‘abut’, ‘tub’, ‘snap’, ‘mar’, ‘leer’. There must be many more of these, but I confess to being a complete illiterate in the hunt for palindromes or other sequences of this type. These are words which, if read ‘backwards’, make sense, although they mean something quite different (abut-tuba, tub-but, snap-pans, leer-reel, etc). As far as the density of information is concerned, such sequences constitute the most effective packaging of content with the minimum number of symbols. And there exist in biological arrangements situations where such packaging has many good points from the point of view of natural selection. In the case of the most minute organisms, the tiniest bacteria, and perhaps viruses too, in which every genetic ‘letter’ is important as far as the metabolic cost and the space it occupies, the opportunity of enciphering ‘backwards and forwards’ of quite different but vitally important information, would be a great thing. Let us imagine that on one nucleic thread is enciphered the synthesis of, for example, a catalase while the same sequence, read backwards, would spell out the code for some peptidase. In such a case the apparatus which would decipher the genetic text has only to know where is the start of the given text and the synthesis can proceed according to two prescriptions written with the one genetic sentence. In a word, a 50% saving. The synthesis of nucleitic acids is a costly process, and makes much sense in the case of minute organisms.

Writing this I am in a quandary. Once, when I was still a student, and when there was much enthusiasm following the discovery of genetic codes, there appeared a small paragraph in ‘Naturwissenschaften’ announcing the discovery of such a two-directional sequence. Unfortunately, I did not make a careful note as to ‘who’ and ‘what’, and then my efforts became directed along a different track. But it created on me such an impression that the matter became fixed in my memory for tens of years. I do not know now whether this information has been ever confirmed, or whether the subject matter died down in the press of more important researches. I have found no references in ‘Biological Abstracts’, and this occurred a long time before Google! (I would be very grateful for any information on the subject if anyone happens to possess any). In any case this type of palindrome should be described and given a name; it is sure to exist in the languages of all cultures, even if it is not found in biological sequences.

One dreams about the creation of a text which, read one way, would spell out the meaning of Christian philosophy, and when read backwards, the meaning e.g. of Muslim thought. What a field would then open before us for collaboration in this sensitive area!

[QZE02::012]
No: 1715; w sieci:10.5.2007